保证研究质量，注入科研动力
创新与协作基金是亥姆霍兹联合会最重要的科研促进手段，从而实现其战略目标，使联合会根据《研究与创新条例》为自己制定的各项原则能够得到实施。当需要迅速达到战略目标时，可以利用该基金迅速而灵活的做出反应，使必要的手段得以推行。
与条例的目标相一致，所有的资助都是通过竞争进行资助的。作为一项战略手段，决定将创新与协作基金的预算从以前2,500万欧元提高到2009年5,850万欧元，2010年将要达到6,000万欧元，这将有利于提高基金的资助深度和效率。
基金主要通过如下5中方式提供资助：
1. 关注未来的研究课题的亥姆霍兹联盟
亥姆霍兹联盟的作用是，迅速发现重要的新研究方向，并为之匹配需要的资源。通过联合会中长期的科研计划优先的资助模式的实施，亥姆霍兹联盟为保证联合会在任何时候都尽力完成自己的任务做出了有价值的贡献。联盟内的研究是合作性的，并将来自学术界、非大学的科研机构、和私人企业的合作伙伴团结在一起协同工作。
2. 亥姆霍兹虚拟研究所：拓展与高校的联系网络
虚拟研究所对大学和亥姆霍兹中心之间的合作起到了建立或促进的作用。在这些虚拟研究所中，来自大学和亥姆霍兹中心的研究小组将他们的科研资源和实力联合起来，为了达成特定的战略研究目标而共同工作。
3. 青年科学家提升行动
创新与协作基金在各种不同层面为未来科学家的成长提供机会：通过亥姆霍兹培养儿童和少年在自然科学方面的兴趣；通过亥姆霍兹研究型博士生班和亥姆霍兹博士研究生院对博士生进行资助；设立青年科学家小组，为处于事业起步阶段的科研人员提供具有吸引力的资金和物质支持，使他们可以从事独立的科学研究。
4. 创新研究支撑框架
要想获得杰出的科研成果，需要为科学家和科研人员建立合适的支撑框架以促进研究能够卓有成效。为促进前沿研究，亥姆霍兹联合会通过创新与协作基金，促进技术转移、机会均等以及科研的国际化。
5. 卓越保障行动
前沿的研究往往需要采取最新的方法，以保证研究成果的质量。对此，创新与协作基金也可以提供所需的资源。通过该基金，可以对具有良好前景的研究项目进行推动，当需要雇用或者留住优秀的科学家时也可以迅速的作出反应。这类项目通常需要经过亥姆霍兹联合会顾问委员会的推荐，经过一个外部专家团的评审后进行选择。